Репликация, праймаза.
После того как ветви молекулы стали свободными к ним начинают надстраиваться комплементарные ветви. Сначала в процесс вступает праймаза (6).
Согласно классическому определению:
“Праймаза синтезирует короткий фрагмент РНК, называемый праймером, комплементарный одноцепочной матрице ДНК. Праймаза играет ключевую роль в репликации ДНК, так как неизвестно ни одной ДНК-полимеразы, способной начать синтез ДНК без затравки (праймера)”.
Чудные вещи – короткий фрагмент. Это сколько же – короткий? Один сахар, один фосфат и одно основание, то есть один нуклеотид, или же большее их количество? Наверное, лучше если один.
- Какими судьбами, где-то синтезированная, праймаза вдруг оказалась у начала расплетенной лидирующей ветви ДНК? И далее постоянный вопрос.
- Как она узнала, с какого основания следует строить фрагмент РНК (праймер 5)? На молекуле ДНК может быть достаточно много репликационных вилок и никаких оснований предполагать, что репликационные вилки начинаются между основаниями гуанин или цитозин, у нас нет. По крайней мере, никто из ученых по этому поводу ничего не говорит. Если это, например, гуанин, то праймаза может к нему пристроить цитозин, а если это аденин, то, что она к нему пристроит? Только урацил, ибо в РНК ветвях обычно он присутствует вместо тимина. В РНК ветвях обычно присутствует не дезоксирибоза, а рибоза, которую не узнает тимин. В результате получается какой-то гибрид, который придется убирать.
Да и возможно ли такое соединение? Очевидно, на этот вопрос смогут ответить только такие светила науки как С. В. Разин и А. С. Спирин, читающие курс молекулярной биологии в МГУ. Допустим такое соединение возможно. Конечно, это должны быть особые участки ДНК. Но остается вопрос: как состыковать дезоксирибозу и рибозу?
- Откуда праймаза берет строительный материал для синтеза праймера? Можно не сомневаться, что ответ будет примерно такой – в клетке достаточно всяких молекул. И это действительно верно. Но из-за тепловых флуктуаций их концентрация в различных местах может быть различной, да и самих молекул каждого типа в клетке не бесчисленно. Может оказаться так, что именно требуемого основания или сахара возле начала лидирующей ветви нет. Что тогда? Ожидать пока требуемый элемент будет приближен тепловыми толчками? Так ведь может с такой же вероятностью случится и так, что почти рядом находящийся желаемый элемент будет удален от этого места. Природа не может жить по воле случая. Для молекул клетка это, примерно, то же что и солнечная система для нас. Слишком большие расстояния, чтобы праймаза смогла захватить какую-то молекулу и приблизить к нужной другой молекуле. Кроме того между праймазой и требуемой молекулой могут находиться другие молекулы. Как поступать праймазе в этом случае неизвестно или не объясняется учеными.
- Вырабатывается ли какой-нибудь сигнал окончания работы праймазы или готовый праймер сигнализирует о своем возникновении? Что это за сигнал? Он необходим, для того чтобы мог начаться следующий шаг репликации.
